Prólogo
Acto I - Escena 1
Años atrás, a bordo del HMS Indomable, un barco de la Armada Británica, durante las guerras francesas de 1797, trabajan los marineros. Un grupo regresa de aboradar un buque mercante, el Rights O 'Man, que pasa con tres hombres preparados para el servicio naval. John Claggart, maestro armero, entrevista a los tres. Pero sólo el último, Billy Budd, agrada a los oficiales, a pesar de su tartamudez. Sin embargo, su apasionada despedida del Rights O'Man es erróneamente interpretada como una declaración revolucionaria y se ordena a Claggart, responsable de disciplina, que vigile a Billy. Encarga al cabo Squeak que hostigue a Billy. Un principiante regresa de una flagelación de castigo y Donald y Dansker avisan a los nuevos reclutas que nadie se escapa del castigo. Les advierten sobre Claggart mientras declaran su devoción por Vere.
Acto I - Escena 2
Una semana más tarde, Vere se reúne con dos oficiales en su camarote y discuten sobre los recientes motines en el Spithead y el Nore. Vere descarta sus temores acerca de la influencia de Billy sobre la tripulación. Otro oficial llega anunciando que tierra se ha divisado tierra enemiga.
Acto I - Escena 3
Bajo la cubierta, esa misma noche, Billy descubre a Squeak hurgando en sus cosas y se pelean. Claggart llega y arresta a Squeak. Ya a solas, Claggart expresa su determinación de destruir a Billy. Obliga al principiante a intentar sobornar a Billy para liderar un motín. Billy recupera la conciencia y escucha la propuesta del principiante. Furioso por la idea de rebelión, sólo puede balbucear. Dansker le dice a Billy que Claggart está detrás de todo, pero Billy se niega a creerle.
Acto II - Escena 1
Días después, Claggart le dice a Vere que hay un marinero peligroso a bordo, cuando se avista un barco francés. Se llama a la tripulación a ocupar sus puestos de combate y se dispara un tiro, pero el viento amaina, sube la niebla y se abandona la persecución del navío francés. Claggart insiste con Vere y acusa a Billy de planificar un motín. Vere ordena a ambos hombres acudir a su camarote.
Acto II - Escena 2
Billy llega al camarote de Vere para enfrentarse a la falsa acusación de Claggart de incitar a la rebelión. Incapaz de hablar para defenderse, Billy golpea a Claggart, que cae muerto. Vere convoca a sus oficiales a una corte marcial, sabiendo que el castigo por golpear a un oficial superior es la muerte. Consciente de la injusticia de la pena de muerte en este caso, los oficiales recurren a Vere para su consejo, éste guarda silencio y los oficiales a regañadientes resuelven que Billy debe ser ahorcado al amanecer.
Acto II - Escena 3
A la mañana siguiente, poco antes del amanecer, Billy espera su ejecución.
Acto II - Escena 4
En la cubierta, a las cuatro de la misma mañana, la tripulación se reúne para presenciar el ahorcamiento. Las últimas palabras de Billy son 'Starry Vere, ¡qué Dios te bendiga!" Tras la ejecución, la tripulación dirige su ira contra los oficiales. Cuando se les ordena despejar la cubierta, obedecen a regañadientes.
Epílogo
Vere, ahora un hombre viejo, sabe que falló a Billy y a sí mismo: pudo haberle salvado. Recibe las últimas palabras de Billy como una especie de bendición, redimiéndole al fin.